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质子泵抑制剂是当前用于胃及十二指肠溃疡、胃食管反流病、上消化道出血和卓—艾综合症等上消化道疾病的一线药物。目前用于临床的质子泵抑制剂主要有奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑和埃索美拉唑等5种药物。这些药物具有共同的作用机理，其临床效果也大致相似，相对副作用都比较少，均属于临床安全用药。尽管如此，在针对不同的上消化道疾病用药时仍然是有所差别和不同选择的，近年的研究资料显示，针对上述几种上消化道疾病的的治疗选择有以下建议：
胃、十二指肠溃疡及卓—艾综合症：各种质子泵抑制剂均对溃疡病的治疗具有良好效果，且上述5种药物的临床疗效相当。因此，在用于治疗胃、十二指肠溃疡及卓—艾综合症时，不必太过分挑选药物，其中的任何一种都可获得满意效果，原则是首选价廉的。如果患者表现为上腹痛显著，需要在短期内缓解疼痛，则兰索拉唑、泮托拉唑和雷贝拉唑的效果优于奥美拉唑。
胃食管反流病：针对胃食管反流病的治疗，一个重要的原则，就是所用抑酸剂应能维持胃内PH大于4的时间不应少于18个小时。相对而言，奥美拉唑、兰索拉唑、泮托拉唑的维持时间没有雷贝拉唑和埃索美拉唑的时间长，且在抑酸速度方面也没有雷贝拉唑和埃索美拉唑快。因此，后两种药物在治疗胃食管反流病方面具有更大的优势，在胃食管反流病的维持治疗和按需治疗时可作为首选。
上消化道出血：由于上消化道出血时需要迅速将胃内PH提高到6或6以上，而采用静脉给药要比口服为好，奥美拉唑可静脉给药且安全，故针对上消化道出血的治疗应首选奥美拉唑。需要注意的一个问题是，不同的病因其效果不同，奥美拉唑在治疗十二指肠溃疡、急性胃黏膜病变引起的出血疗效最佳，糜烂性胃炎、胃溃疡次之，而对肝硬化的食管胃底静脉曲张破裂出血疗效较差。针对后者需要首选其他疗法如气囊压迫止血法。
孕妇合并上消化道疾病：从目前已知的妊娠期安全性分析来看，奥美拉唑属于C类药物，应禁用于妊娠期妇女。其他4种质子泵抑制剂均属于B类药物，可分泌进入乳汁，应慎用于孕妇，尤其是哺乳期的妇女。
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